Nato a Salisburgo nel 1977, Manninger muove i primi passi da professionista con l’Austria Salisburgo. Nel 1997 diventa il primo calciatore austriaco ad approdare in Premier League firmando per l’Arsenal: con i Gunners conquista nella stagione 1997/98 il cosiddetto “double” campionato-FA Cup.

Dopo l’esperienza inglese, la carriera di Manninger lo porta a vestire maglie di primo piano in Serie A, tra cui quelle di Fiorentina, Torino, Bologna, Brescia, Siena e soprattutto Juventus. In seguito milita anche nel Liverpool e nel club tedesco dell’Augsburg, prima di far rientro in Italia per il biennio con il Siena.

Con la Nazionale austriaca vanta 34 presenze e figura nel roster per gli Europei del 2008, in cui veste il ruolo di secondo portiere. Ha appeso i guanti al chiodo nel 2017, concludendo così una lunga carriera tra i pali.

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