Coronavirus. Ricerca attesta epidemia sostenuta da solo ceppo

L’analisi di 59 nuovi genomi di Sars-Cov-2 conferma per l’Italia una epidemia quasi totalmente sostenuta da un unico ceppo. Questo si evince da un nuovo studio dell’equipe guidata da Alessia Lai, Massimo Galli, Claudia Balotta e Gianguglielmo Zehender del dipartimento di Scienze Biomediche e Cliniche ‘Luigi Sacco’ dell’Universita’ Statale di Milano e del Crc EpiSoMI. […]

L’analisi di 59 nuovi genomi di Sars-Cov-2 conferma per l’Italia una epidemia quasi totalmente sostenuta da un unico ceppo. Questo si evince da un nuovo studio dell’equipe guidata da Alessia Lai, Massimo Galli, Claudia Balotta e Gianguglielmo Zehender del dipartimento di Scienze Biomediche e Cliniche ‘Luigi Sacco’ dell’Universita’ Statale di Milano e del Crc EpiSoMI. Dalla caratterizzazione di 59 nuovi genomi virali italiani, emerge la schiacciante prevalenza del ceppo virale ‘europeo’ B1 nella nostra epidemia (arrivato in Germania da Shanghai), mentre un solo genoma deriva invece dalla linea evolutiva di diretta importazione da Wuhan. L’analisi che consente di stimare il tasso di crescita esponenziale o il numero riproduttivo effettivo (Re), ha mostrato inoltre che il virus era gia’ presente in Italia i primi di febbraio, anche se la crescita esponenziale si e’ verificata tra la fine di febbraio e la meta’ di marzo, quando l’Re e’ passato da un valore iniziale prossimo a 1 a piu’ di 2,3 e il tempo di raddoppiamento dell’epidemia si e’ ridotto da cinque a tre giorni. Solo nella seconda meta’ di marzo, l’analisi ha potuto evidenziare una lieve flessione dei valori di Re, probabilmente in relazione alla adozione delle misure di distanziamento sociale.

La nuova ricerca, frutto di un’estesa collaborazione tra il Laboratorio di Malattie Infettive dell’Universita’ Statale di Milano e piu’ di dieci tra centri clinici e Universita’ del Centro e Nord Italia (tra cui Bergamo, Brescia, Cremona, Milano, Padova, Ancona, Siena) definisce con un numero maggiore di sequenze, su un’area geografica non limitata alla Lombardia e una temporizzazione piu’ ampia, la dinamica evolutiva e le caratteristiche epidemiologico molecolari del virus Sars-CoV-2 in Italia. Nel corso dello studio come spiegano dall’Universita’ Statale “e’ stato dunque possibile effettuare la caratterizzazione molecolare di 59 nuovi genomi virali ottenuti da pazienti italiani dai primi giorni dalla manifestazione dell’epidemia fino alla seconda meta’ di aprile, quando la curva epidemica ha iniziato a declinare”. I nuovi genomi virali studiati, che vengono messi a disposizione della comunita’ scientifica nelle banche dati pubbliche, incrementano significativamente il numero delle sequenze ottenute in Italia da infezioni autoctone disponibili ad oggi. Dall’indagine emerge la netta prevalenza in Italia di un singolo lignaggio virale (e di suoi lignaggi discendenti) ascrivibile, secondo uno dei sistemi di classificazione piu’ largamente impiegati, al lignaggio B.1 e correlabile al primo cluster Europeo, che ha avuto luogo in Germania attorno al 20 gennaio ed e’ stato causato dalla documentata importazione di un ceppo circolante a Shanghai.

Un po’ misteriosamente, un solo isolato, ottenuto da un paziente italiano residente in Veneto, che non ha riferito viaggi recenti o contatti con persone provenienti dalla Cina, si e’ rivelato appartenere invece al lignaggio ancestrale B, simile quindi all’isolato giunto in Italia alla fine di gennaio per diretta importazione dalla citta’ di Wuhan con i due turisti cinesi poi assistiti allo Spallanzani. Tutti i genomi ‘italiani’ mostrano la mutazione della proteina Spike, che caratterizza ormai la gran parte dei genomi virali isolati in Europa e al mondo, non solo quelli del ceppo B1 ma anche l’unico appartenente al ceppo B. La mutazione di Spike del lignaggio B era peraltro stata rintracciata in alcuni isolati in Thailandia, Turchia, Romania, Olanda ed Israele. Lo studio dei ricercatori della Statale estende le osservazioni preliminari attuate nelle primissime fasi dell’epidemia ad un numero di sequenze e ad un periodo piu’ ampio e permette di ipotizzare la diffusione largamente prevalente in Italia di un ceppo di SARS-CoV-2 originato verosimilmente da “un’unica fonte iniziale di contagio e la sua successiva ulteriore differenziazione in sotto-lignaggi attualmente largamente diffusi in tutto il mondo”. Il ruolo, anche se probabilmente minoritario o marginale, sostenuto da ceppi diversi dal prevalente secondo i ricercatori “merita tuttavia una piu’ approfondita indagine su un piu’ ampio campione, anche per comprenderne l’origine e la reale diffusione in Italia”.